Kompaktisuodattimia käytetään yleensä tulo- ja kiertoilmakoneissa HEPA-loppusuodatusportaana. Sopivat hyvin haastavimpiin ympäristöihin aina elintarvike- ja lääketehtaista mikroelektroniikan tuotantolaitoksiin.
Kompaktisuodattimia käytetään myös poistoilman suodatukseen, jolloin ne auttavat poistamaan ilmasta haitallisia hiukkasia.